Dal gennaio 1993, in seguito alla rinuncia di Mons. Dante Caifa, e fino al settembre 2003, la direzione è stata affidata al maestro argentino Raúl Domínguez, le cui scelte artistiche hanno aperto al Coro nuove prospettive, con l’accostamento anche ad autori dell’Ottocento e del Novecento, quali Frank, Bruckner, Brahms, Saint Säens, Fauré, Strawinsky, Ives, Britten, Janacek, Respighi, Duruflé, autori poco consueti per un coro amatoriale. Tra le più significative esecuzioni cremonesi di questi anni si ricordano l’Oratorio di Natale di Bach (1993), la Messa di Stravinsky (1994), il Requiem di Fauré (1995), il Requiem di Mozart (1996), l’Oratorio Messiah di Händel in versione integrale e la Sinfonia dei Salmi di Stravinsky (1998), la Messa in Do di Beethoven (1999), e Ein Deutsches Requiem di Brahams (2000) e la Creazione di Haydn (2002).

Il Coro ha, inoltre, proficuamente collaborato con altre importanti realtà del mondo musicale cittadino; con il Gruppo Musica Insieme per il programma Stravinsky e la Rassegna Spazionovecento (1994 e 1998) e con la “Schola Gregoriana” di Antonella Soana Fracassi per il concerto di canto gregoriano e polifonia, dedicato a Palestrina e Di Lasso (1994). Per due anni, in cooperazione con l’Amministrazione Provinciale e il Comune di Cremona, il Coro Polifonico ha proposto alla cittadinanza, in particolare a studenti e giovani, un “laboratorio di canto corale” condotto con interventi didattici, nella prospettiva di uno spettacolo conclusivo. L’opera Carmina Burana di Orff (Teatro Ponchielli di Cremona, 1996) e l’oratorio Le Roi David di Honegger (Cattedrale di Cremona, 1997) hanno rappresentato il frutto delle due “edizioni”.

In collaborazione con il Teatro “Ponchielli” di Cremona e l’Orchestra “I Pomeriggi Musicali”, ha presentato un concerto dedicato a Giuseppe Verdi nella ricorrenza centenaria (2001) e la Messa Solenne, di Ponchielli, in prima esecuzione moderna (2002).

Costituitosi in associazione culturale nel 1984, alle manifestazioni propriamente musicali ha affiancato, in collaborazione con enti pubblici e istituzioni cittadine, iniziative culturali, quali la Mostra Documentaria in Battistero (1989), dedicata alla musica e ai musicisti del Duomo di Cremona dal XV secolo al secolo XVII, corredata di un catalogo contenente saggi specifici, e gli Annali della Cappella delle Laudi del Sabato dal 1596 al 1666.

Nella sua lunga attività, ha dato vita a due appuntamenti annuali, i concerti di Natale e di Pasqua in Cattedrale, molto apprezzati dal pubblico, nei quali, accanto al repertorio propriamente liturgico – Messe, Mottetti e Responsori – figurano pezzi di ispirazione religiosa quali Stabat Mater e Magnificat di G.B. Pergolesi, Gloria di A. Vivaldi, Stabat Mater di G. Rossini, Magnificat dal Vespro della Beata Vergine di Claudio Monteverdi, Magnificat di J.S. Bach. A queste esecuzioni hanno partecipato in qualità di solisti Adriana Anelli, Leo Nucci, Myriam Gauci, Mario Bolognesi, Giusy Devinu, Carlo Zardo, Gastone Sarti, Orazio Mori, Marilyn Turner, Laura Groppi, Masako Tanaka Protti, Natascia Sevastianova, Ilaria Geroldi, Marina Morelli.

Numerosissime le esecuzioni musicali, alcune in occasioni prestigiose: il concerto polifonico nella Basilica dei SS. Cosma e Damiano in Roma, nel 1982; quello inaugurale del Festival di musica sacra a Caen, in Normandia, nel 1985, il concerto Monteverdiano tenuto a Cremona, in S. Marcellino, lo stesso anno ; i concerti eseguiti nel 1986 nella Basilica di S. Marco a Milano e nella Chiesa della Pace a Brescia e la partecipazione alla stagione concertistica ad Alba, nel 1992.

Nel 1987 ha inciso un disco comprendente brani di polifonia classica e Stabat Mater, composizione contemporanea di Angelo Campori. L’incisione, resa possibile grazie al contributo dell’Amministrazione Provinciale di Cremona, è stata positivamente recensita sulla rivista Musica nell’agosto del 1988.

Con la scuola di Paleografia Musicale di Cremona e la Fondazione “W. Stauffer” ha realizzato nel novembre del 1992 un’importante manifestazione musicale e culturale per celebrare degnamente Marc’Antonio Ingegneri nel quarto centenario della morte. Con una giornata di studi condotta da musicologi di altissimo livello, e con due momenti musicali si è consegnata alla Città di Cremona la memoria di un autore insigne, che ebbe anche il merito di avviare la formazione di Claudio Monteverdi.